家康が礎を築いた徳川将軍家を頂点とする江戸幕府の支配体系は極めて完成度の高いものである。江戸幕府は京、大坂、堺など全国の幕府直轄主要都市（天領）を含め約400万石、旗本知行地を含めれば全国の総石高の1/3に相当する約700万石を独占管理（親藩・譜代大名領を加えればさらに増加する）し、さらには佐渡金山など重要鉱山と貨幣を作る権利も独占して貨幣経済の根幹もおさえるなど、他の大名の追随を許さない圧倒的な権力基盤を持ち、これを背景に全国諸大名、寺社、朝廷、そして天皇家までをもいくつもの法度で取り締まり支配した。これに逆らうもの、もしくは幕府に対して危険であると判断されたものには容赦をせず、そのため江戸幕府の初期はいくつもの大名が改易（取り潰し）の憂き目にあっている。これは朝廷や天皇家でさえも例外ではなく、紫衣事件などはその象徴的事件であった。
幕府に従順な大名に対しても参勤交代などで常に財政を圧迫させ幕府に反抗する力を与えることを許さなかった。このように圧倒的な権力基盤を背景にして徳川将軍家を頂点に君臨させ、全国の諸大名・朝廷・天皇家を「生かさず殺さず。逆らえば（もしくはその危険があるならば）潰す」の姿勢で支配したのが家康の築いた江戸幕府であった。
このように徳川将軍家のみを絶対とする江戸幕府の絶対的な支配体系については「保守的・封建的」との見方もできる一方、これほどまでの強固な支配体系が確立されたからこそ、戦国時代を完全に終結させ、そして江戸幕府が250年以上に及ぶ世界史上類を見ない長期安定政権となったことは否定できない事実である。そのため、この江戸幕府の礎を築き上げた家康の手腕は今なお高く評価されている。また、この統治基盤が有ったからこそ、明治新政府へ移行が速やかに進められたとも言われる[誰が]。
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後の鎖国政策につながるような閉鎖的外交方針を諸外国との外交基本政策にしたことから、幕末まで海外諸国からの侵略を防げたと評価できる。なお、これらの「業績」は家康の死後に、当時の情勢において行われたもので、彼に対する非難としては的を外している、また明が海禁策をとるなど、当時の世界的な趨勢であるとも言える。
徳川将軍家を絶対君主とする、全国の諸大名をはじめ寺社勢力、朝廷そして天皇家までも実質支配下に置き、さらには外交面でも閉鎖的な徹底した中央集権的封建支配体制を築き上げたことは日本の近代化を遅れさせる一因となったという非難の声もある[要出典]。また、これに関連して「生かさず殺さず」の姿勢で百姓を支配しようとした[要出典]事やキリシタンに対する厳しい弾圧への批判も多い[要出典]。
家康は信長以上に朝廷をないがしろにしたと言われ[要出典]、実際彼は朝廷を事実上支配下においていた。慶長11年（1606年）には幕府の推挙無しに大名の官位の授与を禁止し、禁中並公家諸法度を制定するなどして朝廷の政治関与を徹底的に排除している。大坂冬の陣の最中である12月17日、朝廷は家康に勅命による和睦を斡旋したが、家康はこれを拒否した。さらに関ヶ原の戦いの後、家康が親豊臣的であった後陽成天皇に譲位を要求した。そして天皇がこれに応じて弟の八条宮智仁親王に皇位を譲ろうとすると、家康はかつて親王が秀吉の猶子になったことがあるとして反対し、慶長16年（1611年）には後陽成天皇を廃して、皇位を政仁親王（後水尾天皇）に譲らせている。家康は信長でさえ行なわなかった天皇の廃立を行ない、さらに後水尾天皇を自らの主導で即位させたのをいいことに、家康存命中から秀忠の5女・和子を入内させ、外祖父として天皇家まで操ろうとしたのである（入内の話は慶長17年（1612年）から始まっていたという。和子の入内が元和6年（1620年）まで長引いたのは、家康と後陽成天皇が死去したためである）。